Juan Freire centra su actividad en la investigación, consultoría y gestión de proyectos sobre: estrategia y gestión de la innovación en organizaciones; gestión ambiental, urbana y territorial; gestión y producción cultural; cultura digital; y educación.
Desde septiembre de 2012 es socio fundador de Teamlabs, empresa que crea laboratorios para experiencias de aprendizaje radical (basado en el trabajo en equipo y centrado en el desarrollo de proyectos) con líderes, profesionales y emprendedores. También desde septiembre de 2013 es socio fundador de mmodulUS, empresa dedicada al diseño de mobiliario de código abierto.
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